Die Diagnose strukturelle Epilepsie wird gestellt, wenn das Gehirn einen nachweisbaren Schaden hat (z.B. mit CT, MRT, Liquor). Dazu zählen Entzündungen des Gehirns (Viren, Bakterien, andere Erreger oder  eine autoimmune Erkrankung), Tumore, Narbengewebe nach einem Unfall (posttraumatische Epilepsie), Missbildungen, Schlaganfälle, Hirnblutungen und andere Erkrankungen. Diese Tiere zeigen in der neurologischen Untersuchung meist Auffälligkeiten. Eine Abklärung dieser Erkrankungen bedarf meist einer Untersuchung in Narkose (CT, MRT, Liquor).